V roce 3000 elitní s kriminalníky bojující jednotka známá jako Síla Času pronásleduje Zemského posledního známého uprchlíka, Ransika, který plánuje odcestovat do minulosti a ovládnout minulost. Je zatčený Alexem, Červeným Strážcem a členem Síly Času. Po souzení a uznání vinným Ransik je převážen do kryo-vězení Síly Času agenty Jen, Katie, Lucasem a Tripem. Na jejich cestě jsou napadeni Ransikovou dcerou Nadirou a spojencem Fraxem, kteří ho dostanou ven. Tito tři protivníci si založí základnu v kryo-vězení, kde Ransik uskuteční druhý pokus o odcestování do minulosti. Opět jsou přerušeni Alexem, ale tentokrát je Červený Strážce poražen a těžce zraněn. Ransik poté úspěšně skočí v čase a vezme sebou i Nadiru, Fraxe a několik kryogenicky zmražených kriminálníků.

Padlý Alex přesvědčuje své čtyři kolegy, aby šli po Ransikovi a tak Jen, Katie, Trip a Lucas ukradnou pět Chrono Morférů a časovou loď a odlétnou do roku 2001 k zatčení Ransika. Zjistí, že Chrono Morféry nebudou fungovat, dokud někdo nebude morfovat Červeným Chrono Morférem, který může být pouze někým, jehož DNA podstatně připomíná Alexovu. Naštěstí Strážci narazí na Wese, Alexova předka, který se nabídne stát se Červeným Strážcem. Nově utvořený tým pěti Strážců snadno porazí Ransika a jeho posádku při jejich prvním útoku na město.

Archaeologická vykopávka objeví mocný artefakt - Kvantový Morfér. Soukromá bezpečnostní agentura známá jako Stříbrní Ochránci založena Wesovým otcem přijíždí, aby artefakt ochránila před Ransikovými jednotkami. Později padne do rukou jednoho z Ochránců - ambicióznímu samotáři Ericovi, který je starým Wesovým rivalem. Eric použije svou sílu a jako Kvantový Strážce získá Kvantasaura Rexe z prehistorických časů, což zapůsobí na pana Collinse a udělá z něho vůdce Stříbrných Ochránců.

V roce 3000 se Alex uzdravil ze svých zranění a monitoruje akce Strážců v roce 2001 a asistuje jim všemi možnými způsoby. Když Frax vypustí prvního ze svých robotů, Alex pošle Stín Času, aby pomohl Strážcům porazit ho. Fraxův druhý robot vyžadoval osobní návštěvu a tak Alex odcestoval sám zpátky v čase, aby se opět stal Červeným Strážcem. Když vyšlo najevo, že tým byl silnější pod Wesovým velením, Alex mu vrátil Morfér a vrátil se do svého času.

Strážci prošli několika složitými situacemi v roce 2001 a zjistili, že si musí sami najít svůj vlastní osud a dokázali, že budoucnost je taková, jakou si ji sami určí. Wes byl předurčen převzít Bio-Lab po smrti svého otce, ale on si vybral bojovat se svými přátely a ani pan Collins nezemřel - byl zachráněn Alexem při jeho návštěvě. Strážci měli být zabiti v boji proti Fraxovu poslednímu robotovi, Doomtronovi, ale Wes je přinutil odletět do budoucnosti pro jejich vlastní bezpečnost. Když se Strážci dozví, že Wes zemřel, když sám bojoval s Doomtronem, cestovali zpátky a pomohli mu zachránit budoucnost.

Ransik a Nadira byli stále na svobodě. Konec mise Strážců se blížil a mutantský otec s dcerou stále museli být zatčeni. Když pomohla přivést na svět dítě, Nadira změnila své srdce a přála si konec nenávisti mezi lidmi a mutanty. Ve zlém boji Ransika proti Strážcům byla Nadira zraněna a to přinutilo Ransika ukončit nenávist. Sám se obrátil na Sílu Času. S poraženými protivníky se Lucas, Trip, Katie a Jen vrací do roku 3000. Než se jejich cesty rozdělili, Jen a Wes si řekli, že se milují. Wes se přidal k Ericovi jako spoluvelitel Stříbrných Ochránců, kteří se změnili ze soukromé bezpečnostní organizace na mír udžující organizaci pro celé město.